Thuốc trừ cỏ là những hóa chất dùng để ngăn chận cỏ phát triển trong vùng mà con người không mong muốn. Thuốc trừ cỏ dại trong vùng cây trồng có nhiều rủi ro xẩy ra khi sử dụng thuốc trừ cỏ hóa học. Những rủi ro cần phải phòng tránh gồm cả việc kháng thuốc trừ cỏ của cây trồng. Nó có thể xẩy ra  thông qua kỹ thuật di truyền, công nghệ DNA tái tổ hợp. Vì thế, việc chuyển gen cây cà chua và thuốc lá đã được phát triển trong đó thể hiện khả năng kháng một số thuốc diệt cỏ cụ thể (Deeptirekha Jain, 2016).

Một số cây trồng nhất định không cho phép cỏ dại mọc gần chúng. Chúng được gọi là “smoother crops”, ví dụ, lúa mạch, lúa mạch đen, lúa miến, kê, cỏ ba lá ngọt, cỏ linh lăng, đậu nành, hướng dương…Những loài cây trồng này có khả năng tiết ra các chất hóa học diệt cỏ dại quanh nó. Vì vậy, việc luân canh với các cây trồng này sẽ giảm cỏ dại một cách tự nhiên cho cây trồng.

Phương pháp sinh học khác là áp dụng một số loài côn trùng đặc biệt ăn và diệt cỏ như Cactoblastis cactorum; Bọ cánh cứng Chrysolina spp. Tuy nhiên những phương pháp này còn nhiều hạn chế.

Thuốc trừ cỏ sinh học có thể kiểm soát cỏ dại hay những cây mọc ngoài ý muốn mà không làm hại các cây trồng hữu ích. Thuốc trừ cỏ sinh học đầu tiên xuất hiện là thuốc trừ cỏ sử dụng nấm trừ cỏ. Được đưa vào sử dụng trong năm 1981. Các thuốc diệt cỏ là nấm Phytophthora palmivora. Các loại nấm này không cho phép Cỏ bông tai họ dây leo mọc trong vườn cam quýt. Tăng trưởng của bèo Lục bình (Eichhornia crassipes) được phòng trừ bởi nấm bệnh Cercospora rodmanii tại Mỹ và nấm Alternaria eichhorniae ở Ấn Độ (Alternaria eichhorniae là một chi nấm ascomycete. loài Alternaria được biết đến như là tác nhân gây bệnh chủ yếu của cây – www. en.wikipedia.org).

Nấm Puccinia chondrilla dùng để kiểm soát sự phát triển của cỏ dại có tên là Skeleton, và cỏ chondrilla juncea tại Úc. Bào tử nấm thường có sẵn dùng để phun trên loại cỏ này để diệt trừ. Hai trong số Thuốc sinh học này là “Devine” và “Collego”. Các bào tử này rất lý tưởng cho việc trở thành sản phẩm Thuốc trừ cỏ sinh học vì chúng có thể chịu đựng được điều kiện bất lợi và có thể sống sót trong thời gian dài. Một số loại Thuốc trừ dịch hại sinh học đã được thương mại hóa. Ngoài ra ở Mỹ còn có thể sử dụng tác nhân không phải sinh học như Natri clorua (Sodium chloride), có thể dùng trừ cỏ trong sản xuất hữu cơ.